Facturation électronique 2026 : quels obligations pour les e-commerçants PrestaShop (et les autres)

À partir de septembre 2026, ce n’est pas juste la manière d’émettre une facture qui va changer. C’est toute votre chaîne de facturation, de la commande à la déclaration de TVA, qui va devoir s’adapter. Et si vous utilisez PrestaShop, WooCommerce ou Shopify, il va falloir passer un vrai cap technique pour rester conforme et éviter de lourdes sanctions à votre entreprise.

Derrière les mots “e‑invoicing” ou “facture électronique”, on parle en réalité de données structurées, d’interconnexions avec des plateformes agréées (PDP), de nouveaux formats comme Factur‑X… et surtout, d’un virage numérique que les entreprise e-commerces ne peuvent plus remettre à plus tard.

Chez Mintfull, on suit ce sujet de près. Parce qu’on sait qu’un CMS e-commerce comme PrestaShop, à lui seul, ne suffira pas à répondre aux exigences de l’administration fiscale. Alors autant anticiper plutôt que subir.

On vous explique ce qui change, ce que vous devez adapter, et comment vous y prendre pour transformer cette contrainte légale en opportunité business.

Une réforme plus vaste qu’un changement de format

Si vous pensez que cette réforme des factures électroniques consiste simplement à générer vos factures en PDF, on vous arrête tout de suite, c'est bien plus complexe que ça.

La facturation électronique, c’est un chantier d’ampleur nationale qui devrait démarrer en septembre 2026. À partir de cette date :

• Toutes les entreprises françaises devront être capables de recevoir une facture électronique

• Les grandes entreprises et ETI devront en émettre

• Les PME, TPE et micro-entreprises suivront en 2027, mais ne vous y trompez pas : il faudra être prêt dès septembre 2026.

Pourquoi une telle réforme a été mise en place ? Pour trois raisons principales :

→ Lutter contre la fraude à la TVA (estimée à plusieurs milliards d’euros chaque année)

→ Automatiser les déclarations de TVA avec un pré-remplissage basé sur vos données réelles

→ Accélérer les délais de paiement et améliorer la trésorerie des entreprises

C’est donc autant une réforme fiscale que comptable, technique et organisationnelle. Et pour les entreprise e-commerce, elle change la donne.

📌 E-invoicing ou e-reporting : êtes-vous concerné ?

La réforme introduit deux mécanismes distincts, et il est crucial de bien les comprendre dès maintenant :

• L’e‑invoicing (facturation électronique) concerne les transactions B2B domestiques, c’est-à-dire entre entreprises françaises.

  Ici, chaque facture devra passer par une plateforme agréée (PDP), dans un format structuré (XML, UBL, CII ou Factur‑X). L’objectif : permettre à l’État de suivre en temps réel les flux de TVA.

• L’e‑reporting, en revanche, concerne :

  • les ventes B2C (clients particuliers)

  • les ventes B2B internationales (clients à l’étranger)

    Dans ce cas, pas besoin d’émettre une facture électronique à chaque vente. Mais vous devrez envoyer régulièrement un résumé de vos ventes (chiffre d’affaires, TVA collectée) à l’administration fiscale, toujours via une plateforme.

💡 Concrètement pour vous, e-commerçant PrestaShop :

• Vous vendez à des particuliers → vous êtes concerné par l’e‑reporting

• Vous vendez à des professionnels → vous êtes concerné par l’e‑invoicing (dès que le client renseigne son numéro SIREN)

Et dans la réalité, la majorité des boutiques en ligne font les deux. Il va donc falloir adapter votre CMS pour distinguer clairement les flux B2C/B2B… et déclencher les bons mécanismes au bon moment et éviter à votre entreprise des sanctions dont on se passe toujours.

Ce que la réforme change pour les CMS e-commerce

Aujourd’hui, un CMS comme PrestaShop, WooCommerce ou Shopify génère un joli PDF, l’envoie par mail, et tout le monde est content. Sauf que… ce schéma ne sera plus valable en 2026.

Pourquoi ? Parce qu’une facture électronique au sens de la réforme n’est pas un simple PDF. C’est un fichier structuré, lisible par des machines, avec un socle de données techniques que l’administration peut exploiter : montants HT, TVA par ligne, numéro SIREN, adresse de livraison, nature de l’opération, etc.

Le PDF classique généré par PrestaShop (via TCPDF) n’intègre rien de tout ça. Résultat :

→ Il ne suffit plus pour être conforme

→ Il n’est pas exploitable pour l’e‑reporting ou la déclaration de TVA automatisée

→ Il ne peut pas transiter via une PDP

Et ce n’est pas tout. Pour émettre une facture électronique valide, il faut aussi :

• Contrôler sa conformité avant envoi

• Transmettre la facture via une plateforme agréée (PDP)

• Connaître la plateforme du client pour bien la router (via un annuaire central)

• Conserver un cachet électronique qualifié pour garantir l’intégrité du document

• Archiver la facture pendant 6 ans dans un format consultable

Aucun CMS e-commerce, en l’état, ne gère tout cela nativement. Et PrestaShop ne prévoit aucune prise en charge du nouveau format de factures électroniques pour le moment. Cela devrait cependant arriver dans les prochains mois via des modules.

Alors que faire ? C’est ce qu’on va voir juste après : faut-il coupler son CMS à un ERP ou bien adapter PrestaShop à minima via des modules ? Spoiler : ça dépendra de votre taille, de vos flux… et de votre envie d’automatiser vos factures électroniques.

PrestaShop avec ou sans ERP : deux approches, deux monde

Dès qu’on entre dans le dur de la facturation électronique, une question revient systématiquement : faut-il brancher un ERP, ou adapter PrestaShop seul ?

Bonne nouvelle : les deux sont possibles. Moins bonne : elles n’ont ni les mêmes coûts, ni les mêmes implications.

🧠 Option 1 : CMS + ERP = contrôle total, mais investissement lourd

C’est l’approche des structures plus matures : PrestaShop reste le moteur e-commerce, mais l’ERP devient le cerveau. C’est lui qui :

• génère les factures électroniques conformes au format Factur‑X ou UBL

• dialogue avec la PDP

• s’assure de l’unicité des numéros de factures

• centralise la gestion comptable, TVA, paiements…

Cette solution permet :

→ une meilleure traçabilité (commande → facture → paiement)

→ une conformité renforcée (inaltérabilité, piste d’audit fiable, archivage légal)

→ une intégration fluide avec la comptabilité ou le service financier

Mais elle demande :

→ du temps (6 à 12 mois de projet minimum)

→ un budget non négligeable (ERP + connecteurs + accompagnement)

→ une vraie conduite du changement en interne

C’est la voie royale, mais pas la plus rapide. Par contre cela peut s'avérer être un vrai booster pour votre entreprise, car vous allez gagner en facilité de gestion au quotidien avec un ERP bien configuré.

⚙️ Option 2 : PrestaShop autonome avec connecteur PDP

Pour une majorité de entreprises e-commerces (notamment TPE/PME), il est plus réaliste d’adapter leur PrestaShop existant en ajoutant un module capable :

• de détecter les ventes B2B (via présence d’un SIREN)

• de générer une facture électronique au format Factur‑X à partir des données de commande

• d’envoyer ce fichier à une plateforme agréée

• de transmettre l’e‑reporting pour les ventes B2C

C’est une approche plus rapide à mettre en œuvre, surtout si vous :

• n’avez pas d’ERP

• vendez essentiellement en B2C, avec quelques commandes pro

• avez besoin de rester agile

Mais attention : tout repose sur la qualité du connecteur. Et tous ne se valent pas.

🔎 Tableau comparatif rapide

La bonne stratégie ? Celle qui correspond à votre réalité. Si vous vendez à l’international, avec un service compta structuré et plusieurs canaux de vente, un ERP est clairement à envisager. Mais si vous êtes un e-commerçant agile avec 90 % de B2C, un bon connecteur bien intégré à PrestaShop fera parfaitement le job.

Dans la suite, on vous présente justement les solutions concrètes déjà disponibles pour votre CMS.

Modules et solutions PrestaShop : que peut-on mettre en place ?

Pas besoin de tout réinventer pour être conforme en 2026. Plusieurs éditeurs et plateformes de facturation électroniques travaillent déjà sur des modules compatibles PrestaShop, pensés pour simplifier l’émission de factures électroniques et l’e-reporting.

Voici un aperçu des solutions existantes ou en cours d’intégration.

ClicFacture

Service français connecté aux webservices PrestaShop.

Les commandes sont automatiquement importées et transformées en factures électroniques conformes (format Factur‑X ou UBL).

Flexina (MyFlexina)

Module PrestaShop avec export Factur‑X, UBL et CII intégré.

Récupération automatique des commandes, génération du fichier structuré, archivage, envoi à la PDP.

Connecteurs ERP → PrestaShop

Des solutions comme SplashSync permettent de synchroniser votre PrestaShop avec un ERP (Odoo, Sage, etc.), qui prend ensuite en charge la facturation électronique.

Les 5 éléments à adapter sur votre boutique

Passer à la facturation électronique, ce n’est pas juste ajouter un module dans votre back-office. C’est repenser certains mécanismes clés de votre boutique PrestaShop pour garantir que chaque facture, chaque flux, chaque donnée soit conforme dès 2026.

Voici les 5 éléments à revoir dès maintenant :

1. Identifier les clients B2B (et collecter leur SIREN)

Tout commence par là. Votre CMS doit faire la distinction entre un particulier et une entreprise. La règle : dès qu’un numéro SIREN est renseigné (et valide), c’est une vente B2B → vous entrez dans le cadre de l’e‑invoicing.

👉 Mettez à jour votre tunnel de commande pour :

• Afficher un champ SIREN obligatoire si le client coche “facture professionnelle”

• Demander la raison sociale et l’adresse de livraison si différente

• Stocker ces données de manière exploitable pour la facturation

2. Définir une logique de déclenchement intelligente

Vous devez conditionner l’émission d’une facture électronique uniquement si la commande est B2B. Pour cela :

• Le module de facturation doit détecter la présence d’un SIREN

• Il doit bypasser la génération PDF classique

• Il doit émettre le fichier structuré (Factur‑X) et l’envoyer à la plateforme PDP

3. Gérer les arrondis et remises avec rigueur

La réforme impose une cohérence stricte : la somme des montants HT, TTC et de la TVA par ligne doit correspondre exactement aux totaux. Pas de marge d’erreur.

On connait bien les problématiques de Prestashop avec ses arrondis parfois, aléatoire dirons nous... mais aussi certains modules mal codés génèrent une remise mal répartie ou un arrondi hasardeux. Tout cela pourra alors faire rejeter une facture.

✅ Vérifiez que :

• vos remises sont bien ventilées ligne par ligne

• les totaux HT/TTC sont recalculés avec précision

• votre module gère les devises et taxes locales si besoin

4. Prévoir un archivage électronique conforme

Chaque facture doit être conservée 6 ans au format électronique, dans un système garantissant :

• l’intégrité du fichier (cachet électronique qualifié recommandé)

• la lisibilité (accès à la version PDF ou XML à tout moment)

• la traçabilité (qui a émis, quand, comment)

Si vous utilisez une plateforme PDP sérieuse, l’archivage est généralement inclus. Sinon, pensez à une solution externe de GED (gestion électronique de documents).

5. Former vos équipes (et vos clients pro)

Ce point est souvent sous-estimé. La réforme va modifier des habitudes :

• vos équipes doivent comprendre ce qu’est une facture électronique

• elles doivent savoir détecter une erreur de saisie bloquante (SIREN incorrect, nature de l’opération manquante, etc.)

• vos clients pro auront peut-être besoin de pédagogie pour récupérer leurs factures via leur plateforme (et non plus par e‑mail)

📌 Ces adaptations ne sont pas des options. Elles conditionnent votre capacité à émettre, transmettre, conserver une facture conforme. Et elles évitent les mauvaises surprises le jour J.

Notre méthode pour anticiper sans stress

Chez Mintfull, on essai toujours de voir les obstacles comme des opportunités, donc pas de raison que ça change pour cette réforme que l'on voit comme une vraie opportunité : celle de remettre à plat vos flux de facturation, de gagner en efficacité et d’automatiser ce qui peut l’être. Mais pour que ce soit bénéfique (et pas juste un casse-tête), il faut s’y prendre dans le bon ordre et avec une bonne méthodologie.

Voici la méthode qu’on applique, que vous ayez déjà un ERP ou non :

1. Auditer vos flux actuels

On commence toujours par cartographier :

• Quels sont vos canaux de vente ?

• Quelle part de B2B vs B2C ?

• Comment les factures sont-elles générées aujourd’hui ?

• Où sont stockées les données (montants, remises, TVA…) ?

• Quel module de facturation utilisez-vous ?

🔍 Ce diagnostic met souvent en lumière des écarts de données, des doublons, ou des zones grises. Et il permet de dimensionner correctement la future solution.

2. 🧩 Choisir une plateforme PDP compatible

On vous aide à comparer les plateformes agréées (ou en cours d’agrément) selon :

• le format pris en charge (Factur‑X, UBL, etc.)

• les connecteurs disponibles avec PrestaShop

• le support e‑reporting (ventes B2C)

• l’archivage et la gestion des retours fiscaux

• le prix au volume (certains facturent à la facture, d’autres au forfait)

3. Tester la solution en sandbox

Avant la mise en production, on simule le flux complet :

• Commande PrestaShop avec numéro SIREN

• Génération du fichier Factur‑X

• Envoi via la PDP vers l’annuaire central

• Réception côté client

Objectif : valider que tout fonctionne, que les formats sont bons, que les totaux tombent juste. Et ajuster si besoin avant le passage en réel.

4. Mettre à jour les modules + procédures internes

Une fois validé :

• on met à jour les modules (facturation, tunnel de commande, exports)

• on documente la nouvelle procédure

• on intègre les remontées comptables si vous avez un logiciel ou un ERP

• on prévoit une stratégie de secours en cas d’erreur bloquante (important !)

5. Former vos équipes (et vos partenaires)

Même avec une solution bien ficelée, un process vaut ce que vaut sa compréhension. On forme :

• les équipes internes (admin, compta, support)

• vos prestataires si besoin

• et on peut même préparer un kit explicatif à destination de vos clients B2B

En résumé : pas besoin de tout faire en urgence en août 2026. Mieux vaut anticiper en douceur, par étapes, et avancer avec méthode.

Ce que vous gagnez à vous y prendre tôt

En anticipant la réforme, ce n’est pas seulement cocher une case sur une check-list réglementaire. C’est aussi (et surtout) transformer une contrainte en levier de performance.

Voici ce que les entreprises e-commerce gagnent à mettre en place la facturation électronique dès maintenant :

Moins de stress, plus de sérénité

Attendre le dernier moment, c’est prendre le risque :

• de subir des bugs en prod

• de ne pas trouver de prestataire dispo

• de devoir tout intégrer dans l’urgence, sans phase de test

💡 Anticiper, c’est lisser la charge de travail, tester en amont, former vos équipes, et avancer pas à pas.

Gain de temps sur la gestion comptable

Avec des factures normalisées, interopérables et automatiquement transmises :

• les exports comptables sont plus propres

• les rapprochements bancaires sont plus rapides

• la déclaration de TVA est (presque) automatisée

🔁 Moins de ressaisies, moins d’erreurs, moins de paperasse.

Moins d’erreurs, moins de sanctions

Facture mal formatée ? SIREN absent ? TVA incohérente ?

Avec un système bien configuré, les contrôles se font automatiquement, en amont. Vous évitez :

• les rejets de factures

• les relances clients

• les amendes de 15 € par facture non conforme

Et ça, croyez-nous, ce sera un vrai sujet dès 2027.

De meilleurs délais de paiement

Une facture électronique conforme = une facture reçue immédiatement par le bon destinataire, dans le bon format.

Résultat : elle est traitée plus vite, validée plus vite, payée plus vite.

Et pour les structures B2B avec plusieurs clients pro, c’est un levier direct sur la trésorerie.

Une image plus pro auprès de vos clients B2B

On ne va pas se mentir : un client pro qui reçoit une facture électroniques structurée, bien formatée, via sa propre plateforme PDP… vous perçoit immédiatement comme un partenaire sérieux.

C’est un détail qui compte, surtout si vous travaillez avec des acheteurs publics, des grand entreprises ou des marketplaces pro.

FAQ – Facturation électronique et PrestaShop

Maxime Benard

Développeur web

Maxime Bénard est développeur web et fondateur de Mintfull Agency, une agence spécialisée dans la création et l’optimisation de sites e-commerce et vitrines sur mesure. Expert PrestaShop, WordPress et Symfony, il accompagne des entreprises ambitieuses dans la refonte, la maintenance et la performance de leurs sites. Avec une approche orientée clean code, SEO et résultats concrets, il partage régulièrement ses conseils pour aider les marques à tirer le meilleur du digital.

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